Είναι το πρώτο σπήλαιο που μελετήθηκε επιστημονικά στην Ελλάδα

Το σπήλαιο της Αγίας Σοφίας σίγουρα είναι ένα από τα σημεία του νησιού των Κυθήρων που πρέπει να επισκεφθείτε! Βρίσκεται λίγα χιλιόμετρα έξω από το γραφικό χωρίο του Μυλοποτάμου  με κατεύθυνση την παραλία του Λιμνιώνα.

Ονομάστηκε έτσι λόγω της τοπικής παράδοσης, που λέει ότι εκεί βρέθηκε το σώμα της Αγίας σε αυτήν την τοποθεσία, όπως μαρτυρούν και οι τοιχογραφίες του 13ου αιώνα που βρίσκονται στην είσοδο του σπηλαίου. Το 1955 εξερευνήθηκε το σπήλαιο λεπτομερώς και κατόπιν χαρτογραφήθηκε. Είναι το πρώτο που μελετήθηκε επιστημονικά στην Ελλάδα το 1930 από τον Πατριάρχη της Ελληνικής σπηλαιολογίας Ιωάννη Πετρόχειλο, ο οποίος είχε καταγωγή από τα Κύθηρα.

Σύμφωνα με τη χαρτογράφηση αυτή η έκταση που καταλαμβάνει είναι περίπου 2000 τ.μ. Ο επισκέπτης μπορεί να δει ένα τμήμα, το οποίο έχει μήκος 200 μέτρα περίπου.

Εκτός των τοιχογραφιών υπάρχει και νεότερη εκκλησία αφιερωμένη στην Αγία Σοφία. Προχωρώντας πιο βαθιά μέσα στο σπήλαιο παρατηρούμε ένα υπέροχο θέαμα με σταλακτίτες και σταλαγμίτες και χρωματικές εναλλαγές λόγω της μορφολογίας των πετρωμάτων της περιοχής.

Το σπήλαιο είναι ηλικίας 4 εκατομμυρίων ετών περίπου, έχει εμβαδόν 2.200 τ.μ και συνολικό μήκος 500 μέτρα περίπου, από τα οποία τα 220 είναι επισκέψιμα. Αμέσως μετά την είσοδο υπάρχει πέτρινο τέμπλο με βυζαντινές αγιογραφίες του 13ου αιώνα, αφιερωμένες στην Αγία Σοφία και της κόρες της Ελπίδα, Πίστη και Αγάπη. Οι τοιχογραφίες του τέμπλου θεωρούνται σαν το αρχαιότερο δείγμα διαμόρφωσης σπηλαίου σε εκκλησία στο νησί, και είναι ζωγραφισμένες με την τεχνική της νωπογραφίας (fresco), κάτι που εξηγεί την καλή διατήρησή τους.

Ο βασικός χρωματισμός του σπηλαίου είναι τόνοι του γκρι με έντονα χρώματα του κίτρινου και κόκκινου, που προέρχονται από τη διάβρωση των οξειδίων του σιδήρου και του μαγγανίου. Η μέση θερμοκρασία του σπηλαίου είναι 17οC και το ποσοστό υγρασίας είναι περίπου στους 750C.
Το σπήλαιο της Αγίας Σοφίας έχει μεγάλη βιολογική αξία, γιατί στο εσωτερικό του ο βιολόγος Κάλουστ Παραγκαμιάν, μέλος της Ελληνικής Σπηλαιολογικής Εταιρίας, ανακάλυψε ένα μοναδικό στον κόσμο τυφλό ισόποδο, που προς τιμήν του ονομάστηκε Kythironiscus Paragamiani.
Πολλοί μύθοι έχουν συνδεθεί με το σπήλαιο, όπως ο μύθος που θέλει το σπήλαιο να ήταν η ερωτική φωλιά του Πάρη και της Ωραίας Ελένης κατά την παραμονή τους στα Κύθηρα, ή φήμες που θέλουν ο πειρατής Μπαρμπαρόσσα να έχει κρύψει εκεί τους θησαυρούς του.